Francis blev gift med Nancy Jane Allen den 15 jan. 1839 i Fayette, Ohio, United States. Nancy (datter af David H. Allen og Beulah Price) blev født i 1818 i Fayette, Ohio, United States; døde i Union City, Putnam, Ohio, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Alex Shannon blev født i 1845 i Ohio, USA; og døde.
2. William F Shannon blev født i 1843 i Ohio, USA; døde den 5 dec. 1926 i Washington, USA.
3. Robert T Shannon blev født i nov. 1859 i Union City, Putnam, Ohio, USA; døde før 1930 i Norfolk, Madison, Nebraska, United States.
4. Alice Ann Shannon blev født den 13 feb. 1852 i Fayette, Ohio, United States; døde den 26 jul. 1930 i Leipsic, Putnam, Ohio, United States; blev begravet den 28 jul. 1930.
5. James Shannon blev født i jun. 1850 i Pennsylvania, USA; og døde.
6. Francis Freemont Shannon blev født den 29 apr. 1849 i Columbus, Ohio, United States; døde den 5 dec. 1926 i Wapato, Yakima, Washington USA; blev begravet den 8 dec. 1926 i Tacoma, Pierce, Washington, USA.
7. Elmer Scott Shannon blev født den 4 aug. 1866 i Monroe Township, Allen, Ohio, United States; døde den 12 apr. 1917 i Richland, Guthrie, Iowa, United States; blev begravet i apr. 1917 i Cooper, Greene, Iowa, United States.
8. Lucetta Shannon blev født i 1839 i Union City, Putnam, Ohio, USA; døde den 28 feb. 1883 i Lyons Twp, Mills, Iowa, United States; blev begravet i Waubonsie Cemetery, Lyons Twp, Mills, Iowa.
9. Arvilla Amanda Shannon blev født den 23 apr. 1840 i Burlington, Des Moines, Iowa, USA; døde den 30 sep. 1930 i Glenwood, Mills, Iowa, USA; blev begravet den 3 okt. 1930 i Glenwood, Mills, Iowa, USA.