William blev gift med Hannah Eaton den 7 apr. 1659 i St Andrews Parish, Holburn, London, England. Hannah (datter af Theophilus Eaton og Anne Lloyd) blev født i 1633 i London, England; døde den 4 maj 1707 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Abigail Jones blev født den 10 nov. 1673 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde den 15 nov. 1673 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
2. Caleb Jones blev født i 1677; døde i 1677.
3. Theophilus Jones blev født den 2 okt. 1661 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde den 5 okt. 1661 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
4. Elizabeth Jones blev født den 28 aug. 1664 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde den 23 aug. 1711 i Preston City, New London, Connecticut, USA.
5. Sarah Jones blev født den 17 aug. 1662 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde i 1703.
6. Samuel Jones blev født den 20 jun. 1666 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde den 16 dec. 1666 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
7. Nathaniel Jones blev født i jul. 1659 i Westminster, London, England; døde den 21 aug. 1691 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
8. Hannah Jones blev født i 1660 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde den 29 maj 1717 i Stratford, Fairfield, Connecticut, USA.
9. Rebecca Jones blev født den 10 nov. 1673 i New Milford, Litchfield, Connecticut, USA; døde den 15 nov. 1673 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
10. Diadate Jones blev født den 15 mar. 1670 i New Haven, Connecticut, USA; døde den 5 apr. 1670 i New Haven, Connecticut, USA.
11. Susanna Jones blev født den 18 aug. 1675 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde i 1705 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
12. John Jones, Rev blev født den 4 okt. 1667 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde den 28 jan. 1718 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA.
13. Isaac Jones blev født den 21 jun. 1671 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; døde i 1741 i New Haven, New Haven, Connecticut, USA; blev begravet i 1741 i Grove Street Cemetery, New Haven, New Haven, Connecticut, USA.