Samuel blev gift med Mary Page den 14 jul. 1673 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA. Mary (datter af John Page og Mary Marsh) blev født den 3 maj 1646 i Hingham, Plymouth, Massachusetts, USA; døde den 2 feb. 1717 i Salisbury, Essex, Massachusetts, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Bethia Shepard blev født den 28 apr. 1677; og døde.
2. Mary Shepard blev født den 28 jul. 1674; og døde.
3. Israel Sheppard blev født den 3 jul. 1684 i Haverhill, Essex, Massachusetts, USA; døde den 9 okt. 1769 i Gilmanton, Belknap, New Hampshire, USA.
4. John Shepard blev født den 21 apr. 1682; og døde.
5. Sarah Shepard blev født den 30 jan. 1686; døde den 4 feb. 1686.
6. Samuel Shepard blev født den 15 jan. 1678; og døde.