Niels blev gift med Karine Globsdatter Krabbe i 1542 i Vejle. Karine (datter af Glob Krabbe og Ingerd) blev født i 1505; døde den 25 apr. 1586; blev begravet i Vinderslev Kirke. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. N. N. Skeel blev født i 1550 i Nygaard, V. Nebel, Vejle, Denmark; og døde.
2. N. N. Skeel blev født i 1548 i Nygaard, V. Nebel, Vejle, Denmark; og døde.
3. Ingeborg N. Skeel blev født i 1509 i Kakedal, Denmark; døde i 1604; blev begravet den 31 okt. 1604 i Voer Kirke.
4. Dorte Nielsdatter Skeel blev født i 1547 i Nygaard, Vester Nebel, Vejle, Denmark; døde i 1578 i Bustrup, Ramsing, Viborg, Denmark.
5. Hans Nielsen Skeel blev født i 1530 i Nygaard; døde den 20 okt. 1565; blev begravet i Viborg Domsogn, Nørlyng, Viborg, Denmark.