Isaac blev gift med Persis Howe den 28 sep. 1763 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA. Persis (datter af David Howe og Abigail Hubbard) blev født den 18 dec. 1743 i Framingham, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 7 maj 1806 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. David Stone blev født den 4 apr. 1777 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1816.
2. Peter Stone blev født den 4 apr. 1777 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA; og døde.
3. Isaac Stone blev født den 9 mar. 1773 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 15 jul. 1866 i Quincy, Norfolk, Massachusetts, USA.
4. Joseph Stone blev født den 17 mar. 1774 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 3 jul. 1818.
5. John Stone blev født den 10 dec. 1767 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA; og døde.
6. Purchas Stone blev født den 25 nov. 1765 i Framingham, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1850 i Wayland, Middlesex, Massachusetts, USA.
7. Persis Stone blev født i 1764 i Framingham, Middlesex, Massachusetts, USA; blev døbt den 8 apr. 1764 i Sudbury, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 4 dec. 1770.
8. Rebeckah Stone blev født i 1779 i Framingham, Middlesex, Massachusetts, USA; blev døbt den 1 aug. 1779 i Framingham, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 11 jun. 1840 i New York, USA.