Ephraim blev gift med Mary Holbrook den 8 sep. 1675 i Milford, New Haven, Connecticut, USA. Mary (datter af Richard Holbrook og Agnes Holbrook) blev født den 17 mar. 1650 i Dorchester, Suffolk, Massachusetts, USA; døde den 26 mar. 1722 i Swansea, Bristol, Massachusetts, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Abigail Wheeler blev født den 8 feb. 1684 i Milford, New Haven, Connecticut, USA; døde i 1764 i Milford, New Haven, Connecticut, USA.
2. Mary Wheeler blev født den 3 feb. 1678 i Milford, New Haven, Connecticut, USA; døde den 31 jan. 1730 i Milford, New Haven, Connecticut, USA.
3. Obadiah Wheeler blev født den 15 jun. 1676 i Milford, New Haven, Connecticut, USA; døde i 1690 i Milford, New Haven, Connecticut, USA.
4. Ephraim Wheeler blev født den 5 jan. 1681 i Milford, New Haven, Connecticut, USA; døde i 1693 i Milford, New Haven, Connecticut, USA.