Nathaniel blev gift med Lydia Hutchinson i 1802. Lydia (datter af Joseph Hutchinson og Rebecca Legrow) blev født den 13 jun. 1785 i Hebron, Oxford, Maine, USA; døde den 20 nov. 1864 i Hebron, Oxford, Maine, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Isaac H Keen blev født i 1821; døde den 4 jul. 1842.
2. Stephen Keen blev født den 22 jul. 1805 i Hebron, Oxford, Maine, USA; døde den 15 sep. 1805 i Hebron, Oxford, Maine, USA.
3. Lydia Hutchinson Keene blev født den 22 jan. 1827 i Maine, USA; døde den 18 okt. 1913.
4. Abigail Keen blev født den 8 aug. 1803 i Hebron, Oxford, Maine, USA; døde den 8 jul. 1861 i Lowell, Middlesex, Massachusetts, USA.
5. Daniel H. Keen blev født den 30 sep. 1816 i Hebron, Oxford, Maine, USA; døde den 21 jun. 1858 i Turner, Androscoggin, Maine, USA; blev begravet i 1858 i Bonney Cemetery, Turner, Androscoggin, Maine, USA.
6. Joseph Hutchinson Keene blev født den 27 okt. 1818 i Hebron, Oxford, Maine, USA; døde den 20 apr. 1899 i Rockland, Plymouth, Massachusetts, USA; blev begravet i Mount Vernon Cemetery, Abington, Plymouth County, Massachusetts, United States of America.
7. Nancy M Keen blev født den 12 apr. 1812 i Hebron, Oxford, Maine, USA; døde den 20 sep. 1813 i Hebron, Oxford, Maine, USA.