Jonathan blev gift med Mary Pierce i 1709 i Newbury, Essex, Massachusetts, USA. Mary (datter af Daniel Pierce og Elizabeth Shedd) blev født den 14 apr. 1685 i Newbury, Essex, Massachusetts, USA; døde i 1762 i Newbury, Essex, Massachusetts, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Luke Allen blev født den 12 jun. 1726 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
2. Jonathan Allen blev født den 24 mar. 1713 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
3. Mary Allen blev født den 18 jul. 1730 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
4. Azariah Allen blev født den 9 dec. 1714 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; døde i nov. 1752 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA.
5. John Allen blev født den 24 aug. 1723 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; døde den 28 feb. 1788 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA.
6. Miriam Allen blev født den 27 aug. 1710 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; døde den 25 jun. 1778 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA.
7. David Allen blev født den 25 maj 1711 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; og døde.
8. Malack Allen blev født den 19 dec. 1716 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; døde den 6 sep. 1717 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA.
9. Jacob Allen blev født den 13 jun. 1721 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; døde den 23 mar. 1805 i Manchester, Lancashire, England.
10. Joseph Allen blev født den 6 jul. 1729 i Manchester, Essex, Massachusetts, USA; døde i 1729.