Jonathan blev gift med Mercy Hubbard den 12 okt. 1685 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA. Mercy (datter af John Hubbard og Mary Merriam) blev født den 23 feb. 1664 i Hadley, Hampshire, Massachusetts, USA; døde i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Mercy Boardman blev født den 4 jul. 1687 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA; døde den 8 mar. 1714.
2. Abigail Boardman blev født den 3 sep. 1712 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA; døde den 16 feb. 1795 i Williamstown, Berkshire, Massachusetts, USA.
3. Joseph Boardman blev født den 18 apr. 1690 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA; døde den 15 feb. 1691 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA; blev begravet den 15 feb. 1693 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA.
4. Jonathan Boardman, Jr. blev født den 16 maj 1697 i Rocky Hill, Hartford, Connecticut, USA; døde den 25 dec. 1775 i Rocky Hill, Hartford, Connecticut, USA.
5. Hepzibah Ann Boardman blev født den 16 feb. 1702 i Wethersfield, Hartford, Connecticut, USA; døde den 9 dec. 1783 i Rocky Hill, Hartford, Connecticut, USA; blev begravet den 9 dec. 1783 i Center Cemetery, Rocky Hill, Hartford, Connecticut, USA.