Jonathan blev gift med Mary Boutwell den 25 mar. 1700 i Reading, Middlesex, Massachusetts, USA. Mary (datter af John Irving Boutwell og Hannah Elizabeth Davis) blev født den 29 jan. 1679 i Reading, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 1 dec. 1738 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; blev begravet i 1738. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Sarah Thompson blev født den 24 mar. 1718 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 28 okt. 1749 i Brookfield, Worcester, Massachusetts, USA; blev begravet den 1 nov. 1749 i Brookfield, Worcester, Massachusetts, USA.
2. Esther Thompson blev født den 16 mar. 1716 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1777 i Groton, Middlesex, Massachusetts, USA.
3. Samuel Thompson blev født den 8 sep. 1705 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 13 maj 1748 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA.
4. Patience Thompson blev født den 25 okt. 1713 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1750 i Concord, Middlesex, Massachusetts, USA.
5. Daniel Thompson blev født i 1707 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1719 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA.
6. Mary Thompson blev født den 18 aug. 1703 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA.
7. Benjamin Thompson blev født den 28 apr. 1703 i Medfield, Norfolk, Massachusetts, USA; døde den 4 jul. 1786 i Bellingham, Norfolk, Massachusetts, USA.
8. Ebenezer Thompson blev født den 30 mar. 1701 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde i 1755 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA.
9. Jabez Thompson blev født i 1716 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA; døde den 10 jun. 1759 i Woburn, Middlesex, Massachusetts, USA.