John blev gift med Carolina Diana Hall den 11 okt. 1838 i Wallingford, New Haven, Connecticut, USA. Carolina (datter af Col. Russell Hall og Mary Kirkland) blev født i 1815 i Wallingford, New Haven, Connecticut, USA; døde den 23 feb. 1846. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. John Russell Atwater blev født den 3 jul. 1843 i Wallingford, New Haven, Connecticut, USA; døde den 17 jun. 1871.
2. William Wadsworth Atwater blev født den 3 jul. 1843; døde den 9 feb. 1866.
3. Margary Elizabeth Atwater blev født den 22 feb. 1842 i Wallingford, New Haven, Connecticut, USA; og døde.
4. Caroline Hall Atwater blev født den 24 mar. 1858 i Wallingford, New Haven, Connecticut, USA; døde den 8 mar. 1862.